Nu am verificat, dar problema ar putea fi de la diferentele intre end-of-line pe windows si pe linux; probabil ca compilatorul din mingw compileaza codul asteptand ca newline \r\n, in vreme ce shell-ul ii trimite dupa conventia de linux (doar \n daca nu ma insel... :-) ) Sau codul de flex asteapta ceva si primeste altceva.